プラグインエフェクトをソフトウェア上でかけた状態でのモニターは可能ですか？

可能ですが、ソフトウェアからのモニターとなりますので、レイテンシー分の遅れが生じます。また、このような録音を行う場合は、できる限り余裕のあるコンピュータ環境でのご使用をお勧めします。